La costruzione ebbe inizio alla fine del XI secolo, quando l’abate Elia la destino' a custodire le reliquie di San Nicola, sottratte dai marinai baresi nella citta' di Myra.

I lavori di edificazione furono molto veloci ed infatti gia' nel 1089 papa Urbano II colloco' di persona nella cripta i resti del Santo.

Un secolo dopo, nel 1197, l’abate Eustachio riprese i lavori e la parte superiore della Basilica fu consacrata dal vescovo Corrado di Hildesheim.

La Basilica, di chiaro stile romanico pugliese, la facciata ne e' un esempio, presenta all'interno tre navate, divise da colonne di granito. La decorazione scultorea, del XII secolo, presenta una cultura allo stesso tempo classica e bizantina.

All'interno della Basilica si trovano un pavimento in mosaico del XII secolo, un tabernacolo e la cattedra dell'abate Elia, mentre nella cripta si trovano oltre alla tomba di San Nicola, il sepolcro dell’abate Elia, una bellissima lampada d'olio, dono di PIO XI, e la "Colonna Miracolosa".

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